东都大学附属医院的脑外科医生南方仁，某夜救治了一名头部重伤的神秘男子。手术成功后，病人却离奇失踪。仁在追寻过程中意外坠下台阶，醒来后发现自己竟置身于幕末时代的江户郊野。在刀光剑影中，他被武士橘恭太郎所救，并以其精湛医术为负伤的恭太郎进行手术。恭太郎的妹妹橘咲目睹这一切，对这位陌生医生产生好奇。当仁得知自己穿越时空后，他决定运用现代医疗知识拯救生命。在动荡的江户，他不仅结识了坂本龙马等历史人物，更遇见了与未婚妻容貌相似的花魁野风。随着仁在医学所的奋斗与自立门户，他逐渐改变着这个时代的医疗面貌。